Jaka jest podstawa opodatkowania
Kalina Figurska-Rudnicka przypomina także, że istnieje problem przy określaniu podstawy opodatkowania w przypadku aportu. Zajęła się nim rzecznik praw obywatelskich Irena Lipowicz, która wystosowała 29 lipca 2013 r. wniosek nr RPO/725990/13/V/620.2 RZ o podjęcie uchwały w poszerzonym składzie do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Rzecznik jest zdania, że w przypadku wniesienia aportu do spółki kapitałowej (a więc czynności bez określonej ceny) podstawą opodatkowania powinna być wartość rynkowa nieruchomości pomniejszona o VAT, a nie wartość nominalna otrzymanych w zamian udziałów. Takie stanowisko potwierdzają niektóre wyroki NSA, jak np. ten o sygnaturze I FSK 211/12. Jak przypomina Łukasz Blak, doradca podatkowy w Certus LTA, powyższy sposób opodatkowania będzie zasadny w sytuacji, w której wspólnik wnoszący aportem nieruchomość zapłaci wprawdzie należny VAT, ale w zamian otrzyma udziały równe sumie wartości netto nieruchomości i kwoty wpłaconej daniny.
W innych wyrokach (sygn. akt I FSK 1405/11) sąd kasacyjny twierdził jednak, że to suma wartości nominalnej udziałów stanowi kwotę należną z tytułu wniesienia aportu. Jak wyjaśnia ekspert Certus LTA, w takich sytuacjach, tzn. gdy wspólnik otrzyma w zamian za aport udziały o wartości netto wnoszonej nieruchomości, a zapłacony VAT odzyska na podstawie ustaleń ze spółką w gotówce, podstawą opodatkowania powinna być wartość netto.