Problemy sygnalizował też Krajowy Związek Grup Producentów Rolnych – Izba Gospodarcza. Podkreślał, że urzędnicy kontrolujący GPR nie uwzględniają specyfiki ich funkcjonowania, kwestionują rozliczenia między rolnikiem i grupą oraz grupą i odbiorcą zewnętrznym, a skutkiem tego bywa oszacowanie dodatkowego dochodu i podatku. Tymczasem GPR nie jest tworzona, aby osiągać zysk, ale po to, aby pomagać członkom we wprowadzaniu ich produktów na rynek. Nie można więc jej traktować jako podmiotu działającego komercyjnie.
– Zmiana zapowiedziana przez resort finansów rozwiązałaby dotychczasowe problemy grup producentów rolnych – uważa Maria Kukawska, partner w Stone & Feather Tax Advisory. Organy kontrolne nie mogłyby bowiem kwestionować stosowanych przez GPR cen. Analogiczne problemy dotyczą grup producentów owoców, które liczą, że również zostaną objęte zmienionymi przepisami.