Czynnością opodatkowaną jest wszelkie nieodpłatne świadczenie usług – w tym na rzecz pracowników – do celów innych niż działalność gospodarcza podatnika. Wynika to z art. 8 ust. 2 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.). Trybunał Sprawiedliwości UE uznał, że aby bezpłatny transport nie był opodatkowany, trzeba wykazać, że charakter prowadzonej działalności wymusza na pracodawcy zapewnienie dowozu pracownikom lub występują trudności w korzystaniu przez nich z innego środka transportu (sprawa C-258/1995). TSUE stwierdził, że nie ma przy tym znaczenia, czy pracodawca wozi pracowników własnym środkiem transportu, czy też zleca to innej firmie.

Pracodawcy we wnioskach o interpretacje indywidualne różnie argumentują, że bezpłatny dowóz pracowników jest niezbędny w działalności. Wykazują, że muszą poszukiwać pracowników w miejscowościach, gdzie nie ma połączeń komunikacyjnych lub dojazd do pracy na czas jest utrudniony, szczególnie w systemie zmianowym czasu pracy. Obecnie organy podatkowe i sądy zgadzają się na nieopodatkowanie VAT bezpłatnego transportu w takich okolicznościach (np. wyrok WSA we Wrocławiu z 29 kwietnia 2013 r., I SA/Wr 266/13; interpretacje: dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 8 września 2011 r., sygn. ILPP1/443-858/11-2/KG, dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 3 października 2011 r., IBPP1/443-1112/11/AZb, dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 4 marca 2011 r., IPPP3/443-1200/10-2/KC).

Nie zgadzają się jednak, aby nie naliczać VAT przy bezpłatnym transporcie pracowników firm współpracujących z pracodawcą, np. pracowników firm ochroniarskich, logistycznych (powołany wyrok I SA/Wr 266/13). Nie ma tu bowiem związku przyczynowego z działalnością spółki. Z kolei gdy pracownik zwraca część kosztów transportu, zwrot ten podlega opodatkowaniu VAT, ponieważ nie jest to nieodpłatne świadczenie usług, lecz świadczenie usług za wynagrodzeniem.