Urzędnicy kontroli skarbowej powinni uprzedzić o czynnościach sprawdzających. Mogą je rozpocząć tydzień po dostarczeniu zawiadomienia. Kontrolowany musi udostępnić dokumenty i udzielać wyjaśnień. Kontrolę kończy doręczenie protokołu, do którego można zgłosić zastrzeżenia w terminie 14 dni od jego doręczenia.
Organy podatkowe I instancji – naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celnego, dyrektor urzędu kontroli skarbowej, wójt, burmistrz, prezydent miasta czy starosta – mogą z urzędu wszcząć kontrolę podatkową. Przeprowadzą ją upoważnieni pracownicy.
Kontrola może dotyczyć każdej sprawy, która nie uległa przedawnieniu. Warunkiem jest, żeby wcześniej w danej kwestii nie została już wydana decyzja administracyjna. Przykładowo jeżeli podatnik otrzymał decyzję dotyczącą PIT za 2010 r. zobowiązującą go do zapłaty podatku i ta decyzja jest ostateczna, to organ podatkowy nie może już kontrolować tego okresu.