W decyzji wymiarowej dotyczącej VAT ustala się tylko wysokość zobowiązania albo zwrotu podatku. Jednak określenie wysokości odsetek i sposobu ich liczenia też leży w zakresie tego postępowania.
Organy podatkowe przed wydaniem decyzji wymiarowej dotyczącej podatku od towarów i usług wydały decyzję o zabezpieczeniu na majątku podatnika VAT. Twierdziły bowiem, że istnieją podstawy, aby przypuszczać, że podatnik nie wykona zobowiązania, bo wystąpił m.in. o ulgę w zapłacie VAT. Podatnik uważał, że organy podatkowe nie miały podstaw do zabezpieczenia na majątku. Sprawa trafiła do sądu, ale sąd ją umorzył. Organ sam o to wniósł, ponieważ wydał już decyzję w sprawie wysokości zwrotu podatku. WSA umorzył więc sprawę. Uzasadnił, że zgodnie z art. 33 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749 z późn. zm.) decyzja o zabezpieczeniu wygasa z dniem doręczenia decyzji określającej wysokość zwrotu podatku. Sąd przypomniał, że decyzja o zabezpieczeniu jest tymczasowa i ma służyć zagwarantowaniu środków na zaspokojenie należności podatkowych, których wielkość na tym etapie postępowania nie jest jeszcze znana.
Jak wskazuje Mirosław Siwiński, doradca podatkowy z Kancelarii Prawnej Witold Modzelewski, skarżący nie zgadzał się również z wyliczoną w decyzji o zabezpieczeniu przybliżoną wysokością odsetek od zaległości podatkowej. Wskazał przede wszystkim, że organy nie uwzględniły tzw. okresów nieodsetkowych wynikających z art. 54 par. 1 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tym przepisem odsetek za zwłokę nie nalicza się m.in. za okres zabezpieczenia – od zabezpieczonej kwoty zobowiązania, jeżeli objęte zabezpieczeniem środki pieniężne, w tym uzyskane ze sprzedaży objętych zabezpieczeniem rzeczy lub praw, zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowych.