Stypendia finansowane z unijnych funduszy strukturalnych są wolne od podatku dochodowego od osób fizycznych. To, że środki na stypendia przepływają z budżetu UE za pośrednictwem budżetu państwa, nie może powodować, jak chce tego minister finansów, że w momencie wypłaty podlegają one PIT. Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny, oddalając skargę kasacyjną ministra finansów.
Sprawa dotyczyła województwa lubuskiego, które w partnerstwie z powiatami przystąpiło w 2009 r. do realizacji programu stypendialnego „Wyrównywanie szans edukacyjnych poprzez programy stypendialne dla studentów województwa lubuskiego”. Realizacji tego programu dokonano w Zintegrowanym Programie Operacyjnym Rozwoju Regionalnego. Stypendia w wysokości 350 zł miesięcznie finansowane były w 75 proc. ze środków pochodzących z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej oraz w 25 proc. z budżetu państwa.
W kwestii skutków podatkowych wypłaty takich stypendiów zwrócił się z wnioskiem o interpretację podatkową do ministra finansów jeden ze starostów powiatowych.

Obecnie zwolnione z PIT są stypendia dla uczniów i studentów, których wysokość i zasady udzielania zostały określone w uchwale organu jednostki samorządu terytorialnego do kwoty 3800 zł miesięcznie

Według starosty od studentów, którzy złożyli oświadczenie PIT-2C, zaliczka na podatek dochodowy nie była pobierana, gdyż kwota stypendium nie przekroczyła 380 zł miesięcznie. Natomiast w przypadku studentów, którzy nie złożyli oświadczenia, należało pobrać zaliczkę od tej części stypendium, która była wypłacana z budżetu państwa. Jednak od części finansowanej ze środków unijnych nie należało pobierać zaliczek, uznając, że korzysta ze zwolnienia na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46a ustawy o PIT (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 361 z późn. zm.).
Minister uznał, że stypendia te pochodzą ze środków pożyczonych z budżetu państwa, tym samym są prefinansowane, a dopiero później zwracane z budżetu UE. W takiej więc sytuacji zwolnienie z PIT nie przysługuje.
NSA nie zgodził się z tym i podtrzymał swoją ugruntowaną linię orzeczniczą, że sposób wypłaty środków nie wpływa na zwolnienie podatkowe. Sędzia Jerzy Rypina podkreślił, że ostateczny koszt stypendium ponosi Unia Europejska.
Wyrok jest prawomocny.
ORZECZNICTWO
Wyrok NSA z 14 sierpnia 2012 r. sygn. akt II FSK 80/11.