Nowelizacja nie przewidywała bowiem, czy do terminu na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty należy stosować przepisy stare, czy nowe. Tę lukę prawną usuwają w swoich wyrokach sądy administracyjne.

Interpretacja sądów

Wojewódzkie sądy administracyjne zwracają uwagę, że przed 1 stycznia 2009 r. obowiązywał art. 79 par. 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.), zgodnie z którym podatnik mógł złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty w ciągu 5 lat od dnia złożenia zeznania podatkowego, w którym wykazał nadpłatę. Dzięki takiej konstrukcji przepisu podatnicy mieli więcej czasu na złożenie wniosku o nadpłatę niż obecnie. Nowelizacja Ordynacji podatkowej natomiast zmieniła powyższą zasadę. Dziś zmieniony przepis określa, że wniosek o nadpłatę można złożyć jedynie do momentu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek zaliczenia nadpłaty

Przykładowo, WSA w Gdańsku (sygn. akt I SA/Gd 875/10) uznał, że firma, będąca właścicielem nieruchomości może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty według starych przepisów, a więc w ciągu pięciu lat, licząc od momentu złożenia deklaracji na podatek od nieruchomości. Zgodnie z regulacjami ustawy o podatkach i opłatach lokalnych (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 95, poz. 613 z późn. zm.) w brzmieniu obowiązującym w 2004 r., zobowiązanie podatkowe powstawało z mocy prawa, a dopiero po nim podatnik miał obowiązek złożenia deklaracji podatkowej.

Nowe zasady dotyczące przedawnienia identycznie zinterpretował WSA we Wrocławiu (sygn. akt I SA/Wr 1233/11). Wyjaśnił, że po upływie pięciu lat od dnia złożenia pierwotnej deklaracji podatnik traci prawo do żądania stwierdzenia nadpłaty podatku. Sąd dodał, że termin pięcioletni zaczyna biec z dniem złożenia deklaracji, w której wykazano i na podstawie której wpłacono podatek nienależny lub zawyżony. Skoro w omawianej sprawie podatnik złożył wniosek po terminie pięcioletnim, to organ podatkowy prawidłowo wydał postanowienie odmawiające wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty podatku.

W kolejnym wyroku WSA w Gorzowie Wielkopolskim (sygn. akt I SA/Go 543/11) stwierdził, że skarżący był uprawniony do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty z zachowaniem pięcioletniego terminu od dnia złożenia deklaracji, a nie do dnia, w którym upłynął termin przedawnienia zobowiązania podatkowego, jak chciał organ podatkowy. Z akt sprawy wynikało, że deklaracja została złożona przez skarżącego 5 października 2005 r., a wniosek o stwierdzenie nadpłaty 31 grudnia 2010 r. Gorzowski sąd orzekł, że w takiej sytuacji termin do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty upłynął 6 października 2010 r., a więc podatnik złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty po terminie. Sądy podkreślają też, że terminu nie można już przywrócić.