Gdy podatnik nabywa na potrzeby firmy składniki majątkowe, które przepisy podatkowe każą traktować jako środki trwałe, co do zasady nie ma możliwości zaliczenia tych wydatków bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów. Wolno mu to zrobić tylko przez odpisy amortyzacyjne. Jednak nie każdy składnik majątku podlega amortyzacji. Mimo bowiem, że do środków trwałych zaliczane są nieruchomości, to pojęcie to nie obejmuje gruntów.

Przepisy podatkowe wyraźnie mówią, że amortyzacji podlegają, stanowiące własność lub współwłasność podatnika, nabyte lub wytworzone we własnym zakresie, kompletne i zdatne do użytku w dniu przyjęcia do używania budowle, budynki oraz lokale będące odrębną własnością, o przewidywanym okresie używania dłuższym niż rok, wykorzystywane przez podatnika na potrzeby związane z prowadzoną przez niego działalnością gospodarczą albo oddane do używania m.in. na podstawie umowy najmu, dzierżawy. Amortyzacji podlegają również niezależnie od przewidywanego okresu używania przyjęte do używania inwestycje w obcych środkach trwałych (są nimi pod pewnymi warunkami np. nakłady modernizacyjne poczynione w obcym budynku, a także budynki i budowle wybudowane na cudzym gruncie).

Przepisy te wyraźnie stanowią także, że amortyzacji nie podlegają m.in. grunty i prawa wieczystego użytkowania gruntów. Natomiast budynki mieszkalne wraz ze znajdującymi się w nich dźwigami lub lokale mieszkalne, służące prowadzonej działalności gospodarczej lub wydzierżawiane albo wynajmowane na podstawie umowy, nie podlegają amortyzacji, jeżeli podatnik nie podejmie decyzji o ich amortyzowaniu.

Zatem w przypadku gruntów oraz prawa użytkowania wieczystego (prawa, traktowane są co do zasady jako wartości niematerialne i prawne, chyba że tak jak przy użytkowaniu wieczystym, zostaną wyraźnie z amortyzacji wyłączone) nie ma podstaw do ich amortyzowania. Oznacza to, że w przypadku zakupu na potrzeby firmy, a także po to, by oddać w najem lub dzierżawę, nieruchomości zabudowanej, mamy obowiązek amortyzowania znajdującego się na tej nieruchomości budynku lub wyodrębnionych jego części. Nie wolno nam natomiast amortyzować gruntu, na którym budynek ten wzniesiono. W konsekwencji zarówno wartość gruntu (ewentualnie prawa użytkowania wieczystego), jak i budynku powinny być wyodrębnione. W innym przypadku błędnie ustalimy wartość początkową budynku na potrzeby dokonywanych odpisów amortyzacyjnych. Skutkiem tego będzie zaś zawyżenie kosztów podatkowych, zaniżenie dochodu i zapłata podatku w zbyt niskiej wysokości. Daje to organom podatkowym podstawy do zakwestionowania naszego rozliczenia i nieuznania części kosztów.

Przedsiębiorca odpowiada za poprawne amortyzowanie nieruchomości
W przypadku zawierania umów o przeniesienie własności nieruchomości zawsze powinniśmy domagać się, by w akcie notarialnym wartość gruntu była wyodrębniona. W tych zaś przypadkach, w których zawarta już wcześniej umowa nie wyodrębnia wartości gruntu, powinniśmy oszacować jego wartość z zastosowaniem cen rynkowych.