Sprawa, którą rozpatrywał NSA, dotyczyła interpretacji przepisów prawa podatkowego w zakresie możliwości zwolnienia z CIT odsetek od środków pochodzących z dotacji z UE ulokowanych na terminowych lokatach bankowych, po zakończeniu projektu.
Spółka wskazała, że otrzymała dotację na sfinansowanie jej podstawowej działalności w zakresie poręczania kredytów dla małych i średnich przedsiębiorstw. Realizowała ona projekt w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw. Środki, jakie spółka otrzymała, były przeznaczone na poręczanie kredytów i zostały ulokowane na rachunkach bankowych (na bankowych lokatach terminowych).
Minister finansów uznał, że nie można zastosować w takim przypadku zwolnienia z art. 17 ust. pkt 23 i 24 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.), ponieważ przyjęta w funduszach strukturalnych zasada prefinansowania zakłada, że w początkowej fazie realizacji projektu związane z nim koszty pokrywa budżet państwa. Dopiero na etapie końcowym zwrot poniesionych nakładów następuje w ramach rozliczeń pomiędzy Polską a UE.