Jeżeli w rozliczeniach podatnika powstała nadpłata podatku, to organ w pierwszej kolejności zaliczy ją na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami.
W rozliczeniach z fiskusem u przedsiębiorców niekiedy powstaje nadpłata podatku. Przepisy Ordynacji podatkowej przewidują w takiej sytuacji zasadę tzw. zwrotu pośredniego nadpłaty. Oznacza to, że nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem w pierwszej kolejności są zaliczone z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w odrębnej decyzji oraz bieżących zobowiązań podatkowych. Dopiero jeśli nie występują wymienione przypadki, nadpłaty podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik sam złoży wniosek o zaliczenie ich w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.
W sprawach zaliczenia nadpłaty na poczet zaległych oraz bieżących zobowiązań podatkowych organ podatkowy rozstrzyga w formie postanowienia, na które podatnikowi służy zażalenie. Jeżeli nadpłata zostanie zaliczona na poczet zaległości podatkowych, a na przedsiębiorcy ciążą zobowiązania z różnych tytułów, nadpłatę zalicza się na poczet podatku o najwcześniejszym terminie płatności, chyba że wskaże on inne zobowiązanie do spłaty.
Ordynacja podatkowa przewiduje również zwrot bezpośredni. Wówczas organ podatkowy związany jest formą zwrotu nadpłaty. Może to być zwrot wyłącznie na rachunek bankowy, o ile podatnik jest zobowiązany do posiadania rachunku, lub w gotówce, gdy nie musi posiadać rachunku bankowego, chyba że sam zażąda zwrotu nadpłaty na rachunek.
Dniem zwrotu nadpłaty jest dzień obciążenia rachunku bankowego organu podatkowego na podstawie polecenia przelewu, złożenia przekazu pocztowego albo wypłacenia nadpłaty przez organ bądź postawienia jej do dyspozycji podatnika w kasie.