Jakie problemy mogą pojawić się z rozliczaniem VAT w związku z przygotowaniem projektu w ramach partnerstwa publiczno-prywatnego?
Specyficzny charakter transakcji w modelu partnerstwa publiczno-prywatne (dalej PPP) sprawił, że ustawy o podatkach dochodowych zawierają szczególne regulacje w tym zakresie. Dotyczą one przede wszystkim zapewnienia neutralności podatkowej dla obu stron transakcji w sytuacji wniesienia przez podmiot publiczny wkładu własnego, natomiast do ustawy o VAT nie wprowadzono żadnych rozwiązań właściwych tylko dla PPP. W konsekwencji na każdym etapie transakcji napotkać można liczne wątpliwości co do prawidłowego sposobu rozliczenia tego podatku.
Pierwsze wątpliwości pojawiają się już na etapie przygotowania projektu. Z uwagi na fakt, że przygotowanie tak dużego przedsięwzięcia, jakim jest transakcja w modelu PPP, wymaga od podmiotu publicznego poniesienia istotnych kosztów związanych przede wszystkim z obowiązkiem przeprowadzenia analiz oraz przygotowaniem przetargu, VAT może stanowić dla nich znaczne dodatkowe obciążenie. Część podmiotów publicznych nie jest bowiem podatnikami tego podatku lub też świadczy usługi w większości z niego zwolnione. Ogranicza to znacznie możliwość odliczenia podatku naliczonego związanego z organizacją przedsięwzięcia. Podatek naliczony może bowiem podlegać odliczeniu jedynie w takim zakresie, w jakim nabyte towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.
Problemy pojawiają się również na tym etapie przedsięwzięcia po stronie partnera prywatnego. Ustawa o partnerstwie publiczno-prywatnym pozwala na zwrot oferentom części kosztów związanych z przygotowaniem oferty. Nie jest jasne, jak taki zwrot kosztów powinien być traktowany na gruncie podatku dochodowego, a co za tym idzie, czy poniesione przez podmioty prywatne wydatki mogą stanowić naliczony VAT. W przypadku uznania, że czynność ta, na gruncie podatku dochodowego, stanowi zwrot wydatków, po stronie oferenta nie powstanie co prawda przychód podatkowy, należy jednak liczyć się z koniecznością dokonania korekty wcześniej rozliczonych kosztów podatkowych. Będzie to miało wpływ na wysokość VAT podlegającego odliczeniu. Otóż VAT nie zostanie odliczony od tej części wydatków, która ze względu na dokonany zwrot nie będzie mogła być zaliczona do kosztów podatkowych.