Okazuje się, że nawet słuszne wydawałoby się zmiany mogą przynieść nieprzewidziane skutki. Nowelizację polegającą na tym, że interpretacje podatkowe ma wydawać minister finansów, a nie urzędy skarbowe, wprowadzono po to, żeby ujednolicić stosowanie przepisów.
Jednak niezadowoleni z urzędowych wyjaśnień podatnicy mają prawo zaskarżyć je do sądu administracyjnego. Gdy interpretacje wydawały urzędy, skargi trafiały do wielu sądów. Obecnie zaś kierowane są do jednego - warszawskiego WSA, który jest właściwy w sprawach ministerialnych interpretacji. Ponieważ skarg jest dużo, więc zachodzi obawa, że niedługo mogą być poważne kłopoty z ich rozpatrywaniem. Pomysłów na rozwiązanie tego problemu jest kilka. Wymagają jednak zmiany przepisów, zatem potrzebna jest konkretna inicjatywa ustawodawcza.