W przypadku podatników podatku dochodowego od osób prawnych źródłem zwolnienia jest art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. Zgodnie z tym przepisem wolny od podatku jest dochód uzyskany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwolenia. Wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Analogiczna regulacja dotycząca podatników podatku dochodowego od osób fizycznych jest zawarta w art. 21 ust. 1 pkt 63a ustawy o PIT.
Z powołanych przepisów wynika, że zwolnienie przysługuje wyłącznie przedsiębiorcom, którzy uzyskali zezwolenie na prowadzenie działalności na terenie konkretnej SSE i odnosi się wyłącznie do dochodu osiągniętego z działalności prowadzonej na jej terenie i wyłącznie w zakresie określonym w zezwoleniu. Zatem przedsiębiorcy planujący inwestycje na terenie SSE powinni móc wyodrębnić organizacyjnie i dokumentacyjnie działalność objętą zezwoleniem, z której dochód korzysta ze zwolnienia z podatku.
Przedsiębiorca prowadzący na terenie strefy działalność inną niż określona w zezwoleniu bądź prowadzący równocześnie działalność poza strefą jest zobowiązany do wyodrębnienia z ogółu dochodu tej jego części, która jest objęta zwolnieniem, i wykazania jej w zeznaniu podatkowym. Pozostały dochód osiągany z działalności gospodarczej podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym według zasad przewidzianych dla danego przedsiębiorcy. Z regulacji dotyczących funkcjonowania SSE wynika, że wysokość zwolnienia podatkowego jest równa iloczynowi wskaźnika intensywności pomocy publicznej dla danego obszaru i poniesionych na terenie strefy kosztów inwestycyjnych zakwalifikowanych do objęcia pomocą lub iloczynu wskaźnika intensywności pomocy publicznej dla danego obszaru i dwuletnich kosztów pracy nowo zatrudnionych pracowników, obejmujących koszty płacy brutto tych pracowników, powiększone o obowiązkowe składki na ubezpieczenia społeczne, ponoszone przez przedsiębiorcę od dnia zatrudnienia tych pracowników.
dr Janusz Marciniuk
doradca podatkowy Marciniuk i Wspólnicy