Literalne brzmienie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) mogłoby sugerować, że w przypadku gdy towar nie zostanie sprzedany, lecz zostanie np. skradziony, zniszczony czy zgubiony, to prawo do odliczenia nie przysługuje. Taka interpretacja jest jednak nieprawidłowa.

Artykuł 185 dyrektywy VAT (2006/112/WE) nakazuje korektę odliczonego podatku, gdy po złożeniu deklaracji VAT nastąpi zmiana czynników uwzględnianych przy określaniu kwoty odliczenia. Przepis ten wskazuje jednak wprost, że korekta taka nie jest dokonywana w przypadku należycie udokumentowanego lub potwierdzonego zniszczenia, zagubienia lub kradzieży. Dyrektywa upoważnia państwa członkowskie do wprowadzenia obowiązku korekty w przypadku kradzieży towarów, ale Polska z tej opcji nie skorzystała. Zatem w przypadku gdy towar zostaje skradziony, zgubiony lub zniszczony podczas prowadzenia działalności gospodarczej podatnika, kluczowa jest odpowiednia dokumentacja zdarzenia. W praktyce organy podatkowe uzależniają uznanie prawa do odliczenia VAT również od dołożenia należytej staranności w celu zapobieżenia wystąpienia takich przypadków. Rażące zaniedbanie podatnika, które skutkowało powstaniem takiego zdarzenia, mogłoby stanowić podstawę do kwestionowania prawa do odliczenia podatku, choć brak jest uzasadnienia do takiego działania w dyrektywie.

Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji z 22 maja 2012 r. (nr ITPP1/443-259/12/KM) potwierdził, że w przypadku niedoborów, którymi obciążani są pracownicy odpowiedzialni materialnie za ich powstanie, należy je uznać za braki niezawinione przez spółkę. W razie utraty towaru z przyczyn niezależnych od spółki przy dopełnieniu wszelkiej staranności, by niedoborów uniknąć, prawo do odliczenia VAT zostaje zachowane i nie ma podstaw do korekt odliczonego podatku.