Ustawa o CIT przewiduje jedynie dwa przypadki, w których konieczna jest korekta wartości początkowej środka trwałego: jego modernizację oraz odłączenie części składowej. Organy podatkowe są więc zdania, że cienka kapitalizacja nie wpływa na wartość początkową środków trwałych. Próbują jednak, w moim przekonaniu niesłusznie, rozciągnąć działanie przepisów o niedostatecznej kapitalizacji na odpisy amortyzacyjne od składników majątku, finansowanych z pożyczki od udziałowca. Twierdzą, że podatnik powinien wyłączać z kosztów podatkowych część odpisów amortyzacyjnych, odpowiadającą tej części wartości początkowej składnika majątku, na którą składają się odsetki od pożyczki od udziałowca.

Stanowisko to nie jest moim zdaniem poprawne. Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 12 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.) nie są kosztami uzyskania przychodów odsetki od pożyczek zwiększających koszty inwestycji w okresie ich realizacji. Odsetki te zwiększają jednak wartość początkową środków trwałych, od której dokonuje się odpisów amortyzacyjnych. Odpisy stanowią z kolei koszty uzyskania przychodów zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy o CIT, choć z zastrzeżeniem art. 16 tej ustawy.

Przepisy dotyczące cienkiej kapitalizacji (czyli art. 16 ust. 1 pkt 60 oraz pkt 61 ustawy o CIT) wyraźnie dotyczą wyłączenia z kosztów odsetek, a nie odpisów amortyzacyjnych, jak to czyni wprost art. 16 ust. 1 pkt 63. Akceptacja stanowiska organów podatkowych prowadziłaby do absurdalnych wniosków, że żadne odsetki od kredytów (pożyczek) inwestycyjnych nie mogłyby być kosztem zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 12 ustawy o CIT. Powyższe uwagi dotyczą także nabywania wartości niematerialnych i prawnych oraz wytwarzania składników majątku we własnym zakresie.