Ciekawym przykładem takich rozbieżności jest zakup nieruchomości przez spółkę cywilną. Spółka taka w rozliczeniach VAT jest odrębnym podatnikiem. Natomiast z punktu widzenia prawa cywilnego to nie sama spółka cywilna nabywa nieruchomość, lecz jej wspólnicy.

Faktura wystawiana jest przez notariusza zazwyczaj na wspólników, co powoduje pewne kontrowersje związane z prawem do odliczenia VAT przez spółkę cywilną. Niewątpliwie jednak prawo takie przysługuje. Potwierdzają to interpretacje podatkowe, m.in. interpretacja indywidualna z 29 czerwca 2012 r. (nr IPTPP1/443-207/12-6/MS). Organ podatkowy stwierdził, że w przypadku nabycia nieruchomości ze środków firmowych spółki cywilnej do majątku spółki, wykorzystywanej do celów prowadzenia działalności gospodarczej, udokumentowanego aktem notarialnym i fakturą, w których jako nabywcy nieruchomości występują wszyscy wspólnicy spółki, spełnione są warunki do odliczenia podatku naliczonego przez spółkę. Zdaniem organu podatkowego faktura powinna jednak zostać dodatkowo uzupełniona o NIP spółki. Udokumentowanie przeniesienia prawa własności nieruchomości odbywa się w formie aktu notarialnego, w którym jako nabywcy są wymienieni wspólnicy jako osoby fizyczne, gdyż spółka w myśl przepisów prawa cywilnego nie może nabywać prawa własności.

Podobne kontrowersje istniały w przypadku odliczenia VAT przez podatnika osobę fizyczną pozostającą we współwłasności małżeńskiej. Nawet jeśli nieruchomość ma być wykorzystywana przez podatnika do jego celów gospodarczych, to w akcie notarialnym jako nabywcy figurować będą obydwoje małżonkowie. Natomiast VAT z faktury dokumentującej taką transakcję odliczy w całości ten małżonek, który nabył nieruchomość do celów działalności gospodarczej. Stanowisko takie potwierdził Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku w sprawie C 25/03 Hundt-Esswein.