Warunkiem skorzystania z pomocy publicznej w specjalnej strefie ekonomicznej jest uzyskanie zezwolenia na działalność w strefie i poniesienie określonych wydatków inwestycyjnych. Istnieją jednak dodatkowe wymogi, których niespełnienie spowoduje obowiązek zwrotu skonsumowanego zwolnienia podatkowego.

W pierwszej kolejności należy wskazać na konieczność utrzymania efektów dokonanych inwestycji w czasie. Inwestor nie może zbyć składników majątku objętych ulgą w okresie 3 lat od dnia wprowadzenia ich do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. W przypadku dużych przedsiębiorców okres ten jest wydłużony do 5 lat. Także sama inwestycja, po jej pełnym zakończeniu, powinna być utrzymana w regionie przez 3 lata, przy czym dla dużych przedsiębiorców okres ten jest dłuższy o kolejne 2 lata.

Wymóg długofalowości efektów dotyczy także kwestii pracowniczych. Zezwolenie na działalność w specjalnej strefie ekonomicznej wskazuje bowiem minimalną liczbę nowych pracowników, których należy zatrudnić w związku z inwestycją w strefie. Każde takie miejsce pracy powinno być zachowane przez okres 3 lat, zaś w przypadku dużych przedsiębiorców – przez 5 lat od jego utworzenia.

Utrata ulgi podatkowej może być podyktowana samym cofnięciem zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie. W tym przypadku konsekwencją będzie konieczność zwrotu całej pomocy publicznej. Cofnięcie zezwolenia może wynikać z zaprzestania działalności na terenie strefy, rażącego naruszenia warunków zezwolenia albo nieusunięcia uchybień w realizacji jego wymogów w wyznaczonym terminie. Aby uniknąć utraty zezwolenia, można złożyć wniosek o zmianę jego warunków. Zmiana nie może jednak spowodować obniżenia wymaganego poziomu zatrudnienia o więcej niż 20 proc., z czym przedsiębiorcy mają największy problem.