Występując z wnioskiem o interpretację podatnik jest zobowiązany do wyczerpującego przedstawienia stanu faktycznego (lub zdarzenia przyszłego) oraz własnego stanowiska w sprawie. W praktyce pojawiły się wątpliwości, czy wnioskodawca, po uzyskaniu interpretacji, w której organ podatkowy nie zgadza się z jego stanowiskiem, może ponownie ubiegać się o wykładnię tych samych przepisów, w oparciu o ten sam stan faktyczny.

Do problemu odniósł się ostatnio Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 3 lutego 2012 r. (sygn. akt II FSK 1250/10) uchylającym orzeczenie wojewódzkiego sądu administracyjnego. NSA uznał, że rozstrzygnięcie zawarte w indywidualnej interpretacji podatkowej nie korzysta z powagi rzeczy osądzonej. Sąd podkreślił również, że interpretacja ma na celu przede wszystkim zapewnienie jednolitości w stosowaniu prawa podatkowego. Zatem oprócz wskazania wnioskodawcy właściwego kierunku wykładni przepisów, organ podatkowy obowiązany jest dążyć do ich jednorodnego stosowania.

NSA zwrócił uwagę, że minister finansów może z urzędu zmienić interpretację wydaną w jego imieniu po stwierdzeniu wadliwości, na skutek uwzględnienia orzecznictwa sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Trybunału Sprawiedliwości UE. Takie orzecznictwo jest więc przesłanką formułowania oceny prawidłowości wydanych interpretacji indywidualnych.

Dlatego, zdaniem NSA, organ podatkowy ma obowiązek dokonywać analizy orzecznictwa w postępowaniu zmierzającym do wydania interpretacji, zwłaszcza jeżeli na takie wyroki powołuje się osoba ponownie występująca z wnioskiem.

Tym samym NSA orzekł, że nawet w sytuacji, gdy stan faktyczny i prawny objęty zapytaniem jest tożsamy, to organ podatkowy ma obowiązek merytorycznego zbadania kolejnego wniosku.