Jako szczególnie skomplikowane wskazywane są art. 16 ust. 1 pkt 60 oraz pkt 61 ustawy o CIT dotyczące tzw. cienkiej kapitalizacji, czyli częściowego ograniczenia możliwości zaliczania do kosztów uzyskania przychodów odsetek od pożyczek udzielonych przez udziałowców. Przykładem jest wynikająca z brzmienia tych przepisów oraz art. 16 ust. 7 ustawy o CIT wątpliwość, czy do kapitału zakładowego spółki należy wliczyć tę jego część, która miała zostać pokryta wkładem gotówkowym, ale ostatecznie zobowiązanie do wniesienia tego wkładu zostało skompensowane z wierzytelnością udziałowca wobec spółki.

Organy podatkowe i sądy uważają, że część kapitału zakładowego, której dotyczyła taka kompensata, nie powinna stanowić elementu wartości kapitału zakładowego ustalanego na potrzeby cienkiej kapitalizacji. Zgodnie z art. 16 ust. 7 ustawy o CIT wartość kapitału zakładowego określa się bez uwzględnienia części tego kapitału, jaka nie została na ten kapitał faktycznie przekazana. Jednak istnieją kontrargumenty do tego twierdzenia. Po pierwsze, nie ma racjonalnych podstaw do kwestionowania rzeczywistego charakteru przekazania części kapitału zakładowego, jeżeli dojdzie do kompensaty wzajemnych zobowiązań między podmiotami. Pokrycie kapitału wkładem pieniężnym może nastąpić również w drodze kompensaty, co upraszcza cały proces i zapobiega zbędnym przepływom gotówki. Po drugie, podwyższenie kapitału zakładowego jest ujawniane w KRS. Udziałowcom, którzy podnieśli kapitał zakładowy spółki w zamian za wkłady gotówkowe, a następnie skompensowali powstałe w ten sposób zobowiązanie z posiadaną należnością od spółki, nie są stawiane żadne ograniczenia co do możliwości uzyskania wpisu podwyższenia do rejestru. Stwierdzenie, że kompensata nie jest faktycznym wniesieniem wkładów do spółki, jest więc sprzeczne z zasadą pewności danych ujawnionych w KRS.