W zakresie kwalifikacji prawnopodatkowej transgranicznych płatności za program komputerowy należy wyróżnić przypadki, gdy na podstawie zawartej umowy następuje przekazanie praw autorskich, i sytuacje, gdy umowa przewiduje jedynie udostępnienie licencji użytkowej – do wykorzystania we własnym zakresie, bez przekazania praw autorskich. Gdy umowa zawarta pomiędzy stronami obejmuje przekazanie praw autorskich, płatności z tego tytułu teoretycznie mogłyby zostać uznane za należności licencyjne w rozumieniu art. 12 ust. 2 typowej umowy o unikaniu międzynarodowego podwójnego opodatkowania dochodu, opartej na modelowej konwencji OECD. Jeżeli umowa jedynie pozwala na wykorzystanie programu na własny użytek (tzw. end-user licence) transgraniczne płatności z tego tytułu nie spełniają przesłanek zawartych w standardowej definicji należności licencyjnych.

W dalszej kolejności należy zbadać, czy konkretna dwustronna umowa o unikaniu międzynarodowego podwójnego opodatkowania zawiera sformułowane wprost odniesienie do płatności z tytułu użytkowania programu komputerowego. Wobec niedopuszczalności stosowania analogii w prawie podatkowym brak wzmianki o programie komputerowym w definicji należności licencyjnych w art. 12 ust. 2 danej umowy podatkowej nie pozwala na uznanie takich płatności za należności licencyjne i w konsekwencji nie daje podstawy do pobrania przez płatnika zryczałtowanego podatku dochodowego.

Taka sytuacja występuje m.in. w umowach podatkowych ze Stanami Zjednoczonymi, z Austrią, Francją, Luksemburgiem i Holandią. To stanowisko zostało także potwierdzone wieloma orzeczeniami sądów administracyjnych i urzędowymi interpretacjami prawa podatkowego.