Zagadnienia te wyjaśnił WSA w Warszawie (sygn. akt III SA/Wa 397/11). Sprawa dotyczyła firmy, której organ podatkowy określił kwotę podatku za poszczególne miesiące 2006 roku. Spółka argumentowała, że za fakturę VAT błędnie został uznany dokument, będący jedynie jej projektem. Nie dokumentował on rzeczywiście dokonanych czynności, lecz stanowił tylko omyłkowo wydrukowany projekt faktury przesłanej mailem w pliku Word, bez zachowania wymogów dla e-faktur.

WSA oddalił skargę spółki. Powołał się przy tym na wyrok NSA z 20 maja 2010 r. (sygn. akt I FSK 1444/09). Zgodnie z nim przepisy ustawy o VAT (art. 106) nie stoją na przeszkodzie, aby faktury VAT były wystawiane w innej formie niż papierowa. Rozporządzenie z 2005 roku nie dotyczy problematyki faktur, które są przesyłane w formie elektronicznej, a następnie drukowane i przechowywane w formie papierowej. Istotna jest natomiast kwestia wprowadzenia dokumentu do obrotu prawnego. Sąd wskazał, że jeśli podatnik zamierza anulować fakturę, musi tego dokonać przed wprowadzeniem jej do obrotu. Projekt faktury przestaje być bowiem projektem w chwili, gdy trafia do kontrahenta.

Na przykładzie orzeczenia WSA można zaobserwować zmianę tendencji organów podatkowych w zakresie sankcjonowania praktyki przesyłania kontrahentom faktur z pomocą środków komunikacji elektronicznej (w praktyce e-maili), również przed wejściem w życie przepisów, które wprost przewidują taką możliwość. W połowie 2010 roku problem ten stał się przedmiotem licznych sporów podatników z organami skarbowymi.

Od 1 stycznia 2011 r. przepisy przewidują dowolność wyboru dla podatników sposobu przechowywania kopii wystawianych dokumentów. Od tego roku zauważalna stała się tendencja korzystna dla podatników (np. interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 21 lutego 2011 r., nr IPPP1-443-1175/10-4/EK). Należy mieć nadzieję, że trend ten zostanie utrzymany w przyszłości.