Artykuł 59a Dyrektywy 2006/ 112/WE pozwala państwom członkowskim w drodze wyjątku określić miejsce świadczenia w sposób odmienny, uwzględniając kryterium miejsca faktycznego użytkowania i wykorzystania usług. Wyjątki te mogą być wprowadzone w celu zapobiegania podwójnemu opodatkowaniu, braku opodatkowania lub zakłóceniu konkurencji. W ustawie o VAT polski ustawodawca wprowadził ten przepis dyrektywy dla dwóch przypadków świadczenia usług transportu towarów na rzecz podatnika.

Pierwszy z nich dotyczy sytuacji, gdy usługi świadczone są na rzecz podatnika mającego siedzibę (stałe miejsce prowadzenia działalności) na terytorium kraju, lecz transport jest wykonywany w całości poza UE. Miejsce świadczenia usług znajduje się wówczas poza UE. Jeśli więc polski podatnik nabywa usługi wykonane w całości poza UE od podatnika zagranicznego, nie jest zobowiązany do rozliczenia VAT od importu usług. Jeśli nabywa je od innego polskiego podatnika, faktura nie będzie uwzględniała polskiego VAT. Należy zauważyć, że uwzględnienie tej sytuacji w ustawie miało jedynie redakcyjny charakter. Analogiczną regułę od 1 stycznia 2011 r. zawierały przepisy rozporządzenia wykonawczego. Od 1 lipca 2011 r. zmienił się natomiast sposób opodatkowania transportu towarów, gdy są one świadczone na rzecz podatnika mającego siedzibę (stałe miejsce prowadzenia działalności) poza UE, lecz transport w całości jest wykonywany na terytorium kraju. Korzystając z opcji z dyrektywy, ustawodawca uznał, że miejscem świadczenia tych usług jest terytorium kraju (a nie jak dotychczas, miejsce siedziby / stałe miejsce prowadzenia działalności usługobiorcy). Usługi te podlegają więc polskiemu VAT, mimo że nabywcą jest podatnik spoza UE.