Jednym z tych warunków, które w praktyce sprawiają najwięcej kłopotów interpretacyjnych, jest konieczność zapewnienia integralności treści faktury. W świetle rozporządzenia oznacza to, że w fakturze nie zmieniono danych, które powinna zawierać. Przede wszystkim należy więc zaznaczyć, że regulacja ta odnosi się do zmian dotyczących konkretnych faktur, które są przez podatnika przesyłane, a nie do teoretycznej możliwości ingerencji w treść faktur elektronicznych. Ciekawe jest także to, że tak formułując definicję integralności treści faktury, ustawodawca akceptuje zmiany, które zostały dokonane w tych elementach faktury, które wykraczają poza jej minimalną zawartość określoną w rozporządzeniu o fakturach. Istotne jest to, że rozporządzenie nie ogranicza w żaden sposób tego, jak określić integralność treści faktury. Odnosi się ono co prawda do bezpiecznego podpisu elektronicznego oraz elektronicznej wymiany danych (EDI), ale te formy zapewnienia integralności treści faktury mają charakter jedynie przykładowy. Oznacza to, że każda przyjęta forma gwarantująca, że w fakturze elektronicznej nie dokonano zmian po jej otrzymaniu, jest akceptowana.

Artykuł 233 Dyrektywy 2006/112, na którym regulacje dotyczące faktur elektronicznych są wzorowane, potwierdza, że to podatnik określa sposób zapewnienia m.in. integralności treści faktury. Przepis ten przewiduje także, że można to zapewnić za pomocą dowolnych kontroli biznesowych, które ustalają wiarygodną ścieżkę audytu między fakturą a dostawą towarów lub świadczeniem usług. Zatem dyrektywa daje podatnikowi możliwość zapewnienia integralności treści faktury nie tylko przez standardowe narzędzia informatyczne, ale także przez określenie stosownych procedur (bo do nich odnosi się w istocie rzeczy pojęcie kontroli biznesowych), które umożliwią weryfikację i potwierdzenie tego, że nie doszło do ingerencji w treść faktury.