W razie wystąpienia nadpłaty w zeznaniu jej zwrot na rzecz podatnika powinien nastąpić w ciągu 3 miesięcy od złożenia zeznania. Jakkolwiek wielu z tych, którzy przewidują nadpłatę zaliczek wobec ostatecznego zobowiązania podatkowego za rok, rozliczają się z fiskusem wcześniej, to i tak najwięcej zeznań wpływa do urzędów skarbowych w kwietniu. To natomiast oznacza, że w lipcu upływają trzy miesiące, w czasie których podatnik powinien otrzymać zwrot nadpłaconego PIT.

Do wyjaśnienia wątpliwości służą czynności sprawdzające. W ich ramach organy podatkowe mogą m.in. potwierdzić poprawność formalną złożonego zeznania czy jego załączników, jak również ustalić stan faktyczny, aby stwierdzić jego zgodność z przedstawionymi dokumentami. Rozszyfrowując to ostatnie sformułowanie, warto wskazać na potwierdzenie uprawnień oraz sprawdzenie posiadania formalnych dokumentów (np. faktur) do zastosowania ulg podatkowych.

Możliwe jest jednak, że urząd skarbowy nie zdoła rozstrzygnąć wszelkich wątpliwości odnośnie do złożonego zeznania w terminie trzech miesięcy. Może wtedy niezależnie zwrócić nadpłatę podatnikowi. W ten sposób fiskus uniknie konieczności zapłaty odsetek należnych za każdy dzień po upływie tego terminu.

Jednocześnie jednak organy skarbowe mają prawo kontrolować takie zeznania do terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z niego wynikającego. Mają na to pięć lat od końca roku, w którym upłynął termin złożenia zeznania. Dla rozliczeń za rok 2010 oznacza to 31 grudnia 2016 r. Jeżeli więc właśnie otrzymaliśmy zwrot nadpłaty z tytułu złożonego przez nas zeznania, pamiętajmy o przechowywaniu jego kopii oraz dokumentów, na podstawie których je przygotowaliśmy, przez ponad pięć lat.