Jeśli organ podatkowy uzna, że transakcja błędnie została zakwalifikowana np. jako import usług lub wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów (WNT), to odmawia prawa do odliczenia podatku naliczonego, ale jednocześnie nakazuje zapłatę podatku należnego z faktury wewnętrznej. Stanowisko takie jest nieprawidłowe, co potwierdza orzecznictwo sądów administracyjnych.

Obowiązek zapłaty przez wystawcę faktury wykazanego na niej podatku, również gdy jest on nienależny, zapobiega ryzyku uszczuplenia wpływów fiskalnych w przypadku odliczenia przez odbiorcę faktury błędnie wykazanego VAT (abstrahując od odrębnych przepisów zakazujących odliczenia). W przypadku faktur wewnętrznych wystawianych w celu udokumentowania przez nabywcę transakcji, dla których jest uznawany za podatnika, sytuacja taka nie zaistnieje. Jest to wewnętrzny dokument podatnika. Odliczenie wynika z rozliczenia podatku należnego, nie jest dokonywane na podstawie faktury wewnętrznej. Po stwierdzeniu, że podatek np. z tytułu WNT został rozliczony nienależnie, korekta rozliczenia powinna dotyczyć zarówno podatku należnego, jak i naliczonego. Brak jest więc ryzyka uszczuplenia wpływów podatkowych, któremu zapobiegać ma art. 108 ustawy o VAT.

W niedawnym wyroku NSA ponownie potwierdził powyższe stanowisko (sygn. akt I FSK 352/10). Sąd podkreślił, że stosowanie art. 108 ustawy o VAT powinno następować po analizie, czy wystawienie faktury niesie ryzyko obniżenia wpływów podatkowych. Skutki nieprawidłowego wystawienia faktury wewnętrznej mogą być w każdej chwili skorygowane po stronie podatku należnego i naliczonego w rozliczeniu jednego podatnika, co może nastąpić również w postępowaniu podatkowym. W takiej sytuacji stosowanie wspomnianego przepisu jest niezasadne.