Organy podatkowe mogą zastosować art. 14 ust. 1–3 ustawy o CIT do ustalenia wartości rynkowej objętych udziałów/akcji w zamian za wkład niepieniężny. Prawo do ustalenia wartości rynkowej objętych udziałów/akcji w zamian za wkład niepieniężny przysługuje, o ile nominalna wartość objętych udziałów (akcji) bez uzasadnionej przyczyny znacznie odbiega od wartości rynkowej wkładu niepieniężnego.

Uzasadnioną przyczyną zakwestionowania może być sama decyzja udziałowców/akcjonariuszy, że objęcie udziałów/akcji w kapitale zakładowym nastąpi po wartości nominalnej mniejszej od wartości rynkowej wkładu z jednoczesnym przelaniem nadwyżki pomiędzy wartością rynkową wkładu a wartością nominalną objętych udziałów/akcji tzw. agio na kapitał zapasowy.

Stanowisko organów podatkowych ewoluuje w kierunku odmowy uznania za uzasadnioną przyczynę podjęcia przez udziałowców/akcjonariuszy decyzji, że część wartości wkładu w postaci agio zostanie przelana na kapitał zapasowy. Na przykład w interpretacji nr IPPB3-423-1440/08-2/MK z 6 stycznia 2009 r. dyrektor IS w Warszawie stwierdził, że ustalenie wartości nominalnej udziałów, a w konsekwencji przychodu, nie może odbywać się na zasadach zupełnej dowolności. Wartość ta powinna odpowiadać wartości rynkowej przedmiotu aportu w momencie jego wnoszenia do spółki. Przekazanie nadwyżki wartości aportu na kapitał zapasowy nie stanowi uzasadnionej przyczyny i nie stoi na przeszkodzie do określenia przychodu przez organ podatkowy. Znaczne zaniżenie wartości aportu obliguje fiskusa do wezwania do zmiany tej wartości lub wskazania przyczyn uzasadniających podanie ceny odbiegającej od wartości rynkowej. W razie nieudzielenia odpowiedzi, niedokonania zmiany wartości lub niewskazania przyczyn, które uzasadniają podanie ceny znacznie odbiegającej od wartości rynkowej, organ podatkowy określi wartość z uwzględnieniem opinii biegłego lub biegłych.