Na wstępie należy wyjaśnić dwie zasadnicze kwestie. Po pierwsze nieruchomości opodatkowane VAT nie podlegają podatkowi od czynności cywilnoprawnych (PCC). Nieruchomości zaś niepodlegające VAT lub zwolnione z tego podatku podlegają PCC. Po drugie VAT na transakcji rozlicza sprzedawca (jest to jego ryzyko podatkowe), zaś PCC płaci nabywca.

W praktyce zdarzają się sytuacje, gdy sprzedawcy nieruchomości po transakcji i bez uzgodnienia z nabywcą starają się zmienić kwalifikację podatkową transakcji i odzyskać zapłacony VAT. Perspektywa korekty jest szczególnie kusząca w sytuacji, gdy w umowie sprzedaży nieruchomości strony określiły cenę brutto zawierającą VAT, a sprzedający oświadczył, że z tytułu tej czynności jest podatnikiem VAT. W takim bowiem przypadku notariusz, sporządzając akt notarialny, nie pobiera PCC.

W związku z tym, jeżeli sprzedający po upływie pewnego czasu wystąpi do organu podatkowego o stwierdzenie nadpłaty w VAT i zwrot nienależnie zapłaconego podatku, np. uznając, że dla celów tej transakcji nie był jednak podatnikiem VAT, a organ podatkowy zgodzi się z taką argumentacją i zapłacony VAT sprzedawcy odda, to może mieć to opłakane skutki dla nabywcy. Organ podatkowy zażąda bowiem od nabywcy zapłaty PCC. Skoro bowiem transakcja nie podlegała VAT, to powinna być opodatkowana PCC. W takim przypadku argument, że skoro transakcja została opodatkowana VAT przez sprzedawcę w dniu jej dokonania, to nie powinna być opodatkowana PCC, nie będzie miał żadnego znaczenia prawnego. Podobnie fakt, że w praktyce obowiązek uiszczenia PCC może dla nabywcy oznaczać podwójne opodatkowanie podatkami transakcyjnymi, gdyż zapłacił VAT zawarty w cenie sprzedaży nieruchomości określonej w kwocie brutto.

Potwierdził te konsekwencje Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 6 maja 2011 r. (sygn. akt II FSK 2168/09).