W związku z powyższą praktyką organów kontroli skarbowej warto przypomnieć, co jest istotą postępowania podatkowego, a co kontroli podatkowej. To pierwsze ma na celu wymiar podatku, czyli ustalenie bądź określenie prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego. Postępowanie podatkowe powinno być więc inicjowane dopiero w sytuacji, gdy organ podatkowy dysponuje już określonym materiałem dowodowym, w świetle którego ma wątpliwości co do prawidłowości wywiązania się przez podatnika z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego. Logiczne jest to, że aby taki materiał dowodowy uzyskać, organ podatkowy powinien skorzystać w tym celu z prawem przewidzianej na taką okoliczność procedury podatkowej, tj. przeprowadzić kontrolę podatkową.

Zgodnie z art. 281 par. 2 Ordynacji podatkowej celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego. W praktyce jednak często podejmowane są czynności charakterystyczne dla kontroli podatkowej, polegające na gromadzeniu materiału dowodowego, bez formalnego wszczęcia kontroli. Faktyczne prowadzenie kontroli bez upoważnienia nie podlega po pierwsze ograniczeniom czasowym i choćby z tego względu musi zostać uznane za naginanie prawa. Na szczęście sądy administracyjne coraz częściej odmawiają uznania za dowód w postępowaniu podatkowym materiałów zgromadzonych w trakcie postępowania kontrolnego, które miało faktycznie charakter kontroli skarbowej. Jeśli sytuacja taka ma miejsce, podatnik może w procesie odwoławczym postawić zarzut proceduralny, co może mieć istotne znaczenie w toku dalszego postępowania. Zalecanym rozwiązaniem może być również sporządzenie skargi na podstawie art. 227 kodeksu postępowania administracyjnego do głównego inspektora kontroli skarbowej.