Problem ten rozstrzygnął ostatnio dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z 2 marca 2011 r. (nr IPPP3/443-1195/10-4/IB). Sprawa dotyczyła podatnika VAT realizującego projekt współfinansowany w 75 proc. ze środków Unii Europejskiej, zaś w 25 proc. z własnych funduszy. Głównym celem projektu było promowanie wśród małych i średnich przedsiębiorców efektywności energetycznej.

W ramach realizacji projektu podatnik przeprowadzał bezpłatne szkolenia dla przedsiębiorców. Ich współrealizatorem była firma zewnętrzna, która obciążała podatnika fakturą VAT za czynności z nimi związane, m.in. przygotowanie merytoryczne materiałów szkoleniowych, wystąpienia ekspertów itp. W tym zakresie faktura przewidywała stawkę VAT „zw.” Natomiast organizacja logistyczna szkoleń była obciążona stawką podstawową. Podatnik, realizując szkolenia, nie odliczał naliczonego VAT zawartego w otrzymanej fakturze, ponieważ zgodnie z ustawą nie przysługuje mu prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z czynnościami zwolnionymi.

Organ podatkowy uznał takie postępowanie za prawidłowe. Dokonane w ramach działań objętych programem unijnym zakupy nie miały związku z czynnościami opodatkowanymi, ze względu na wykorzystywanie ich wyłącznie do wykonywania czynności zwolnionych, tj. usług edukacyjnych. Jednak interpretacja dotyczy stanu prawnego obowiązującego do 31 grudnia 2010 r. Od 1 stycznia 2011 r. nastąpiło dostosowanie polskich przepisów do wymagań wspólnotowych m.in. w zakresie opodatkowania usług edukacyjnych. W związku z powyższym zwolnienie z VAT usług szkoleniowych zostało znacznie ograniczone do usług świadczonych przez podmioty wymienione w art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT (m.in. jednostki objęte systemem oświaty), usług prywatnego nauczania świadczonego przez nauczycieli oraz kształcenia zawodowego lub przekwalifikowania zawodowego.