Nierzetelność dotyczy sytuacji, gdy dany dokument jest niezgodny ze stanem rzeczywistym, np. faktura wskazująca na sprzedaż 30 sztuk komputerów zamiast faktycznie sprzedanych 10 sztuk. Taka faktura nie stanowi podstawy do odliczenia podatku naliczonego, zgodnie z ustawą o VAT. Z kolei pojęcie wadliwości należy rozumieć jako niezgodność z przepisami prawa. Zatem faktura, która nie odpowiada przepisom prawa, np. nie zawiera wszystkich wymaganych danych czy została wystawiona z naruszeniem terminu wynikającego z przepisów, będzie uznana za wadliwą. Jednak na gruncie VAT nie możemy oceniać wadliwości faktury tylko na podstawie polskich przepisów, bowiem zgodnie z orzeczeniami Trybunału Sprawiedliwości UE dyrektywa ma wyłączną właściwość do regulowania zasad fakturowania, a państwa członkowskie nie mają tu swobody we wprowadzaniu dodatkowych ograniczeń.

Oceniając wadliwość faktury musimy pamiętać, że podatnicy nie są związani przepisami tylko polskiej ustawy o VAT. Skutek jest taki, że jeśli faktura jest niezgodna z polskimi przepisami, ale jest zgodna z przepisami dyrektywy (np. nie zawiera numeru samochodu, do którego tankowano paliwo) nie może być uznana za wadliwą na podstawie przepisu krajowego sprzecznego z dyrektywą. Jeśli jednak faktura nie spełnia dodatkowych wymagań (wskazanych w dyrektywie), ale które nie wynikają z polskich przepisów, nie można uznać takiej faktury za wadliwą. Przepisy dyrektywy nie mogą być bowiem powoływane przez organy państwa na niekorzyść podatników. Wadliwość faktury nie stanowi przeszkody w odliczeniu VAT, może jednak powodować odpowiedzialność karną skarbową.