Gdy ocena stanowiska wnioskodawcy jest negatywna, interpretacja powinna zawierać wskazanie prawidłowego stanowiska oraz jego uzasadnienie prawne.

Ocena stanowiska wnioskodawcy dokonywana jest w praktyce przez stwierdzenie, czy stanowisko to jest – zdaniem organu – prawidłowe lub nieprawidłowe. Uzasadnienie prawne tak wyrażonej oceny należy rozumieć przez pryzmat celu, dla którego interpretacje są wydawane. Celem interpretacji jest udzielenie wnioskodawcy odpowiedzi na zadane pytania dotyczące konkretnego zagadnienia podatkowego. Zdaniem doktryny, uzasadnienie prawne powinno zatem co najmniej zawierać wskazanie przepisów, które znajdują zastosowanie oraz sposób ich interpretacji w przedstawionym przez wnioskodawcę stanie faktycznym.

W sprawach dotyczących interpretacji indywidualnych odpowiednie zastosowanie znajduje m.in. art. 121 Ordynacji podatkowej, który zawiera tzw. zasadę zaufania do organu podatkowego. Z zasady tej można wyinterpretować, że uzasadnienie prawne interpretacji indywidualnej powinno również zawierać ustosunkowanie się do argumentów prawnych podniesionych przez wnioskodawcę w ramach stanowiska własnego. Odstąpienie od uzasadnienia prawnego możliwe jest wyłącznie w przypadku gdy stanowisko wnioskodawcy zostanie przez organ uznane za prawidłowe w pełnym zakresie.