Trzymając się ściśle przepisów ustawy, należałoby najpierw wystawić dokument wzywający kontrahenta do zapłaty zaliczki, np. fakturę pro forma lub notę księgową. Wystawca powinien poczekać, aż otrzyma płatność od przyszłego nabywcy jego towarów lub usług, a następnie wystawić fakturę VAT potwierdzającą otrzymanie zaliczki. Część podatników, skracając ten proces, od razu wystawia faktury zaliczkowe, narażając się jednak na zarzut wystawienia tzw. pustej faktury. Zdaniem organów podatkowych nie potwierdza ona żadnej transakcji, a z racji wystawienia zobowiązuje wystawcę do zapłaty wykazanego na niej podatku. Dodatkowo kwestionowane jest prawo do odliczenia VAT przez odbiorcę takiej faktury.

W wyroku z 9 listopada 2010 r. (sygn. akt I SA/Wr 1100/10) WSA we Wrocławiu uznał, że w świetle art. 86 ust. 10 pkt 1 w związku z ust. 2 pkt 1 lit. b) ustawy o VAT odliczenie podatku naliczonego z faktury wystawionej na poczet przyszłej zaliczki nie może nastąpić za okres rozliczeniowy wcześniejszy od tego, w którym na podstawie art. 19 ust. 11 ustawy o VAT powstaje obowiązek podatkowy z tytułu otrzymania zaliczki.

Sąd zachował w ten sposób symetrię między zobowiązaniem przyszłego sprzedawcy do odprowadzenia VAT a prawem do odliczenia tego podatku przez przyszłego nabywcę. Dzięki temu Skarb Państwa w żadnym momencie nie musi kredytować tego podatku. Jednocześnie WSA słusznie uznał, że w przypadku otrzymania faktury przed dokonaniem zapłaty (oraz przed zakończeniem wykonywania usług bądź dostawy) prawo do odliczenia przysługuje w rozliczeniu za okres, w którym dokonano płatności. Ustawodawca nie dyskwalifikuje faktur otrzymanych (a więc i wystawionych) przed dostawą albo przed wykonaniem usługi, lecz zawiesza prawo do obniżenia podatku należnego do czasu zrealizowania czynności podlegających opodatkowaniu.