Opodatkowanie podatkiem od towarów i usług aportów wnoszonych do spółek kapitałowych oraz osobowych wciąż stwarza problemy przedsiębiorcom i organom podatkowym. Jedną z podstawowych kwestii jest ustalenie podstawy opodatkowania. Istnieją w praktyce dwie metody opodatkowania aportów zwane umownie metodą netto oraz metodą brutto.

W metodzie netto przyjmuje się, że wartość wnoszonego aportu nie obejmuje podatku od towarów i usług. Strony dodatkowo regulują kwestię rozliczenia podatku od towarów i usług przez dodatkowe przepływy pieniężne pomiędzy wnoszącym aport i spółką otrzymującą. Podatek od towarów i usług jest zatem w ostateczności neutralny. Określając podstawę opodatkowania metodą brutto przyjmuje się, że wartość wnoszonego aportu, a tym samym wartość objętych udziałów lub akcji, obejmuje podatek od towarów i usług.

Metoda brutto dla podatników nie wydaje się nadzwyczaj korzystna, ponieważ wymaga wyłożenia przez wnoszącego aport dodatkowych środków pieniężnych jako podatek od towarów i usług należny w zamian za udziały. Zatem w praktyce podatek od towarów i usług nie jest dla podatnika neutralny – nie wpłaci przecież do urzędu skarbowego udziałów jako podatek od towarów i usług należny.

Metoda netto pozwala na zachowanie neutralności, ale nie wydaje się najbardziej preferowana przez organy podatkowe. Brak jednoznacznych regulacji powoduje sytuację, w której obie opisane metody wydają się być prawidłowe, a zastosowanie jednej z nich jest w rzeczywistości konsekwencją przyjętej przez strony konwencji cywilistycznej. Najbezpieczniejszym jednak rozwiązaniem byłoby uzyskanie wiążącej interpretacji podatkowej przed dokonaniem czynności wniesienia aportu.