Opinia biegłego może znacząco wpływać na wynik postępowania dowodowego. Czy podatnik może podjąć merytoryczną dyskusję z opinią biegłego?
Gdy w sprawie wymagane są wiadomości specjalne, organ podatkowy może powołać na biegłego osobę dysponującą takimi wiadomościami w celu wydania opinii.
Zgodnie z art. 190 par. 1 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.) strona powinna być zawiadomiona o miejscu i terminie przeprowadzenia dowodu z opinii biegłego przynajmniej na 7 dni przed terminem. Termin ten niezbędny jest dla strony w celu merytorycznego przygotowania się do przeprowadzenia dowodu na daną okoliczność. Już na tym etapie strona może zgłaszać swoje uwagi, np. co do zakresu opinii biegłego, o którą wystąpił organ podatkowy. Jednak najważniejsze jest prawo podatnika do czynnego uczestnictwa w postępowaniu dowodowym, gdyż strona ma prawo brać udział w przeprowadzaniu dowodu, w szczególności może zadawać pytania biegłemu oraz składać wyjaśnienia. Oznacza to, że strona po uzyskaniu opinii biegłego może żądać zadania mu pytań i przesłuchania w charakterze świadka. W wyroku z 3 marca 2000 r. (sygn. akt III SA 535/99) NSA stwierdził, że strona powinna być zawiadomiona o miejscu i terminie przeprowadzenia dowodu z opinii biegłych przynajmniej na 7 dni przed terminem, a stronie przysługuje prawo do udziału w przeprowadzeniu dowodu. Samo doręczenie kserokopii opinii, nie może być utożsamiane z wykonaniem przez organ obowiązków nałożonych przez przepis. Ponadto NSA w wyroku z 19 stycznia 1990 r. (sygn. akt SA/Gd 1115/89) podkreślił, że skoro po sporządzeniu opinii biegłego skarżąca wniosła zastrzeżenia do treści opinii, to rzeczą organu podatkowego było doprowadzenie do sytuacji, w której skarżąca mogła zadawać pytania biegłemu i żądać wyjaśnień. Organ podatkowy powinien przesłuchać biegłego w charakterze świadka w obecności skarżącej. Naruszenie przez organ prawa strony do czynnego udziału w przeprowadzeniu dowodu z biegłego stanowi kwalifikowaną wadę tego postępowania i z reguły oznacza uchylenie decyzji.