Spór w sprawie sprowadzał się do tego, czy organ podatkowy może określić podatnikowi VAT zobowiązanie podatkowe w wysokości równej kwocie zadeklarowanej przez podatnika w sytuacji, gdy podatnik nie zapłacił podatku. Zdaniem organu podatkowego pozwala na to art. 21 par. 3 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.). Stanowi on, że jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego.

Sąd nie zgodził się jednak z organem podatkowym. Orzekł, że art. 21 par. 3 Ordynacji podatkowej nie daje podstawy do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego w VAT w tej samej wysokości jak wynikająca z deklaracji. Sąd uzasadniał, że wydanie decyzji określającej nie jest konieczne do wyegzekwowania od podatnika należności, ponieważ taką podstawą jest już deklaracja przez niego złożona. Zawiera ona pouczenie, zgodnie z którym deklaracja jest podstawą do wystawienia tytułu wykonawczego.

Wyrok jest nieprawomocny.

Wyrok WSA w Bydgoszczy z 9 listopada 2011 r., sygn. akt I SA/Bd 246/11