W sprawie, którą rozpatrzył Naczelny Sąd Administracyjny, byli wspólnicy spółki z o.o. złożyli do urzędu skarbowego wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych. Nadpłata miała według nich przypadać każdemu wspólnikowi proporcjonalnie do objętych przez nich udziałów w spółce.

Problem, który był przedmiotem sporu między podatnikami a organami podatkowymi, wynikał z tego, że spółka była podatnikiem CIT, będąc jeszcze na etapie organizacji. Jako spółka z o.o. w organizacji podmiot ten funkcjonował przez dziesięć miesięcy. Kiedy spółce odmówiono wpisu do rejestru przedsiębiorców, wspólnicy postanowili rozwiązać umowę spółki i złożyli wniosek o aktualizację NIP w związku z ustaniem jej bytu prawnego.

Organ podatkowy odmówił jednak wspólnikom zwrotu nadpłaty. Wynika to z tego, że żaden z przepisów podatkowych ani kodeksu spółek handlowych nie przewiduje sukcesji praw i obowiązków zlikwidowanej spółki z o.o. w organizacji na inny podmiot.

Z tym nie zgodzili się wspólnicy i wnieśli skargę do sądu. Wojewódzki sąd administracyjny i NSA nie przyznali jednak racji wspólnikom. Sądy uznały, że wspólnicy mogli dochodzić swoich wierzytelności o charakterze publicznoprawnym z tytułu nadpłaconych podatków, ale na etapie postępowania likwidacyjnego. Jeśli tego nie zrobili, to nie mają już takiego prawa w postępowaniu podatkowym.

Sędzia NSA Jerzy Płusa podkreślił, że zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej uprawnienie do otrzymania zwrotu nadpłaty przysługuje jedynie podatnikom, płatnikom, albo inkasentom. Do żadnej z tych kategorii nie należą byli wspólnicy spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w organizacji. Wyrok jest prawomocny.

Wyrok NSA z 28 października 2011 r. sygn. akt II FSK 791/10.