Sąd wyjaśnił, że zwrot i nadpłata podatku nie są generalnie pojęciami tożsamymi, ale ustawodawca postanowił, że w określonych przypadkach należy je utożsamiać.

Zgodnie z art. 87 ust. 7 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054) różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach ustawowych traktuje się jako nadpłatę podlegającą oprocentowaniu. WSA orzekł więc, że skarżąca mogła domagać się oprocentowania od nieterminowego zwrotu podatku.

W omawianej sprawie skarżąca po wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie Magoora złożyła za lata 2005 – 2008 korekty deklaracji VAT i wystąpiła o zwrot VAT od samochodów i paliwa do nich. Trybunał stwierdził, że polskim spółkom przysługiwało prawo do odliczenia podatku od nabywanych samochodów i paliwa do nich. Skarżąca złożyła więc wniosek, a naczelnik urzędu skarbowego zwrócił VAT, który spółka powinna odliczyć.

Sąd wyjaśnił, że wyrok Trybunału potwierdził, że przepisy dyrektyw zostały błędnie implementowane do przepisów krajowych. W efekcie tego błędu spółka mogła odzyskać VAT. Skarżąca uważała też, że należą jej się odsetki liczone od momentu złożenia pierwotnej deklaracji VAT.

Organy podatkowe twierdziły natomiast, że spółka w ogóle nie może domagać się oprocentowania, ponieważ nie można traktować zwrotu podatku, tak jakby to była nadpłata. Jak wynika z art. 72 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn.zm.), za nadpłatę uważa się kwotę podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej. Wyrok jest nieprawomocny.

Wyrok WSA w Warszawie z 21 października 2011 r., sygn. akt III SA/Wa 2643/10