Łączenie przez przejęcie oznacza przeniesienie całego majątku spółki przejmowanej na przejmującą za udziały lub akcje, które podmiot przejmujący wydaje wspólnikom tej pierwszej. Spółka przejmująca staje się następcą prawnym spółki przejmowanej i wstępuje we wszelkie prawa i obowiązki, w tym podatkowe, podmiotu przejętego, który traci podmiotowość prawną. Wynika to z art. 494 par. 1 kodeksu spółek handlowych (t.j. Dz.U. z 2013 r. poz. 1030 ze zm.) oraz art. 93 par. 2 pkt 1 w zw. z art. 93 par. 1 ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 749 ze zm.). W przypadku zaksięgowania przejęcia metodą łączenia udziałów łączące się spółki nie muszą zamykać i otwierać ksiąg rachunkowych. Nie kończą one zatem roku podatkowego, co oznacza brak obowiązku rozliczenia CIT na moment połączenia.

Zgodnie z art. 25 ust. 6 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 ze zm.) podatnicy mogą wpłacać zaliczki miesięczne w danym roku podatkowym w uproszczonej formie w wysokości 1/12 podatku należnego wykazanego w zeznaniu za rok poprzedzający. Problematyczna jest jednak sytuacja, w której uproszczone zaliczki wpłacała zarówno spółka przejmująca, jak i przejmowana. Może wówczas powstać wątpliwość, czy obowiązek wpłaty zaliczek objęty jest także sukcesją podatkową, a w rezultacie czy spółka przejmująca powinna, począwszy od rozliczenia za miesiąc, w którym doszło do przejęcia, wpłacać zaliczki w wysokości równej sumie dotychczasowych zaliczek wpłacanych przez obie spółki.

Przepisy ustawy o CIT nie przewidują utraty przez podatnika prawa do uzyskanej wcześniej możliwości rozliczania zaliczek uproszczonych ani zmiany ich wysokości w przypadku łączenia z innym podmiotem. W konsekwencji spółka przejmująca powinna wpłacać uproszczone zaliczki w tej samej kwocie do końca roku podatkowego, niezależnie od zdarzeń gospodarczych, jakie w tym okresie wystąpiły. Po przejęciu nie ma więc konieczności sumowania zaliczek.