Przede wszystkim organy podatkowe stracą możliwość wszczynania postępowań i weryfikowania rozliczeń podatników za 2007 r. Jednocześnie dla podatników CIT, których rok podatkowy pokrywa się z rokiem kalendarzowym (a także dla podatników PIT), z końcem 2013 r. upłynie termin na złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym za rok podatkowy 2007. Okoliczności te dają podatnikom ciekawą możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, w przypadku gdy obawiają się oni negatywnych konsekwencji takiego działania w postaci wszczęcia postępowania podatkowego za rok objęty wnioskiem.

Należy zauważyć, że nadanie w placówce pocztowej 31 grudnia 2013 r. wniosku o stwierdzenie nadpłaty za 2007 r. skutkować będzie zachowaniem przez podatnika terminu na jego złożenie. Rozpatrzenie wniosku przez organ nastąpi jednak dopiero w roku 2014 (po otrzymaniu pisma przez urząd). Organ rozpoznający sprawę będzie ograniczony zakresem żądania wskazanego we wniosku. Nie będzie on już zaś uprawniony do wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego za 2007 r. W konsekwencji, organ podatkowy będzie mógł jedynie wniosek odrzucić albo go przyjąć – co nie rodzi dla podatnika żadnego ryzyka.

Podkreślić jednak należy, że przedstawiona wyżej teza będzie prawdziwa jedynie w sytuacji osiągnięcia przez podatnika dochodu za 2007 r. Zgodnie z art. 70 par. 1 ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 749 z późn. zm.) przedawnieniu podlega bowiem wyłącznie zobowiązanie podatkowe. To powstaje z kolei tylko w przypadku wykazania dochodu za dany rok. Jeżeli więc podatnik za 2007 r. wykazał stratę, to jej wysokość może być de facto weryfikowana znacznie dłużej niż przez 5 lat.