Każda gmina lub miasto, które realizowały inwestycje współfinansowane ze środków unijnych, muszą odpowiedzieć sobie na pytanie, czy występować o zwrot VAT dotyczący inwestycji unijnych. Może się bowiem okazać, że nie warto tego robić, bo trzeba będzie oddać pieniądze, które gmina dostała z UE. Z drugiej strony korzyści z odzyskania podatku mogą być większe, niż związany ze zwrotem części środków unijnych.

Całe zamieszanie wynika z uchwały NSA, zgodnie z którą samorządowe jednostki budżetowe nie są podatnikami VAT, a jest nim gmina lub miasto. Uchwała otworzyła więc gminom drogę do odzyskania VAT zapłaconego w związku z inwestycjami dofinansowanymi z UE. Problem w tym, że podatek w większości inwestycji był traktowany jako koszt kwalifikowany. Oznacza to, że unia dawała pieniądze na jego zapłatę (warunkiem było to, że gmina nie może go odzyskać). Jeśli więc okaże się, że gmina będzie chciała odzyskać VAT, to unia może się upomnieć o zwrot środków.

Piotr Popa, rzecznik prasowy Ministerstwa Rozwoju Regionalnego, potwierdza, że VAT, który został już rozliczony w ramach zrealizowanych lub właśnie realizowanych projektów, będzie musiał być zwrócony przez beneficjentów (są nimi m.in. samorządy), ale wyłącznie w tej części, w jakiej mają oni możliwość jego odzyskania z budżetu państwa.

Rzecznik przekonuje, że wystąpienie o zwrot podatku może być korzystniejszym rozwiązaniem dla gminy, nawet jeśli będzie ona musiała zwrócić część środków unijnych.

Podobnie twierdzi Andrzej Kapczuk, doradca podatkowy i starszy menedżer w EY. Jego zdaniem w sytuacji gdy VAT był kosztem kwalifikowanym i dofinansowanym (częściowo) ze środków zewnętrznych, gminy powinny porównać opłacalność wystąpienia o jego zwrot do urzędu skarbowego (najczęściej 100-proc. zwrot podatku) z koniecznością oddania jego części (np. 60–85 proc.) instytucji wdrażającej program unijny. Piotr Popa przekonuje, że gminom nie grozi wypłata karnych odsetek, ponieważ sytuacja ta nie stanowi nieprawidłowości. Gminy mogą więc zyskać – w zależności od stopnia dofinansowania projektu – nawet 40 proc. kwoty zapłaconego VAT.

Andrzej Kapczuk z kolei zwraca uwagę na komunikat Ministerstwa Finansów z lipca tego roku, zgodnie z którym nie będą kwestionowane dotychczasowe (zdecentralizowane) rozliczenia VAT w gminach.

– W sytuacji gdy danej gminie nie będzie się opłacało wystąpić o zwrot tego podatku do urzędu skarbowego, zasadne wydaje się utrzymanie status quo dotychczasowych rozliczeń – uważa ekspert EY. Innymi słowy, gmina w takim przypadku nie powinna występować o zwrot VAT, a kwota podatku pozostanie kosztem kwalifikowanym.

Każda gmina powinna więc dokonać szczegółowej analizy dotychczasowych, nieprzedawnionych z podatkowego punktu widzenia inwestycji, z tytułu których od jej jednostek budżetowych nie został odliczony VAT.

Piotr Popa przypomina, że samo uzyskanie statusu podatnika VAT nie oznacza ostatecznie, że każdorazowo gminy będą mogły odzyskiwać z budżetu państwa zapłacony uprzednio podatek (co przesądzałoby o jego niekwalifikowalności w projekcie). O tej możliwości decyduje bowiem wiele aspektów, m.in. związek zakupów projektu z czynnościami opodatkowanymi, rozliczanie się strukturą sprzedaży czy przedmiotowe i podmiotowe zwolnienia z VAT.

W sytuacji gdy VAT był kosztem kwalifikowanym i dofinansowanym (częściowo) ze środków zewnętrznych, gminy powinny porównać opłacalność wystąpienia o jego zwrot do urzędu skarbowego (najczęściej 100 proc. zwrot podatku) z koniecznością oddania jego części (np. 60–85 proc.) instytucji wdrażającej program unijny