Protokół do umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania z Luksemburgiem wprowadza między innymi zmiany w wysokości stawek podatku u źródła oraz klauzulę nieruchomościową. Obowiązywanie umowy w nowym brzmieniu w zakresie podatku u źródła rozpoczyna się 1 września 2013 r., natomiast w zakresie pozostałych podatków od dochodów i majątku – 1 stycznia 2014 r. Powstaje więc pytanie, czy jeżeli polski płatnik zobowiązany ustawą o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.) do pobrania podatku u źródła ma rok podatkowy inny niż kalendarzowy, to do jego końca stosuje starą umowę, czy też od dnia wejścia w życie zmian powinien postępować zgodnie z jej nowym brzmieniem.

Umowa o unikaniu podwójnego opodatkowania niewątpliwie stanowi element prawodawstwa podatkowego kraju. Tym samym mogłoby się wydawać, że zmieniony rok podatkowy będzie miał wpływ również na jej stosowanie.

Należy jednak zauważyć, że podatek u źródła (przykładowo od należności licencyjnych) jest płacony do 7. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym faktycznie dokonywana jest płatność. Jednocześnie od nierezydentów nie wymaga się złożenia zawiadomienia o stosowanym przez nich roku podatkowym, a z samej konstrukcji podatku u źródła można wywodzić, że ma on charakter szczególny i bez znaczenia dla ustalenia jego stawki powinien pozostawać rok podatkowy zagranicznego podatnika. Należałoby więc stwierdzić, że stawki podatku u źródła nie ustala się dla danego roku podatkowego, lecz dla konkretnej płatności.

W praktyce oznacza to, że zmienione postanowienia umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania z Luksemburgiem w zakresie podatku u źródła będą obowiązywać podatnika od dnia ich wejścia w życie.