Zgodnie z przepisami ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) regułą jest, że do dostawy budynków, budowli lub ich części zastosowanie ma zwolnienie przedmiotowe, jeżeli nie jest ona dokonywana przed, w ramach lub w ciągu 2 lat od pierwszego zasiedlenia. Ustawodawca, dokonując poprawnej implementacji art. 137 ust. 1 lit. b) dyrektywy 2006/112, wprowadził jednak możliwość wyboru opodatkowania tej czynności. Przysługuje on stronom umowy (obie muszą zgodnie zadecydować o opodatkowaniu) i jest obwarowany kilkoma warunkami.

Podstawowy wymóg dotyczy statusu stron transakcji – obie muszą być zarejestrowane jako podatnicy VAT czynni. Wprowadzenie tego warunku ma na celu ochronę osoby fizycznej, która kupuje nieruchomość na własne potrzeby, przed narzuceniem przez sprzedającego opodatkowania VAT (co byłoby rozwiązaniem korzystniejszym dla dostawcy, ale bardziej kosztownym dla takiego nabywcy). Drugim warunkiem, o charakterze formalnym, jest to, aby sprzedawca i nabywca złożyli zgodne oświadczenie o wyborze opodatkowania VAT. Trzeba to bezwzględnie zrobić przed dniem dokonania dostawy nieruchomości. W przeciwnym wypadku wybór nie będzie skuteczny, a transakcja będzie zwolniona z VAT. Oświadczenie zawierające dane stron, planowaną datę transakcji i adres nieruchomości, należy złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu dla nabywcy.

Należy przyjąć, że podatnicy VAT będą zawsze starać się uznać transakcję za opodatkowaną, a nie zwolnioną. Jest to bowiem rozwiązanie korzystniejsze, gdyż daje pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego. Trzeba jednak pamiętać, że o skuteczności wyboru opodatkowania VAT przesądza spełnienie wszystkich ustawowych warunków.

Zdecydowanie się na opodatkowanie dostawy ma charakter jednostronny, co oznacza, że nie można wybrać zwolnienia transakcji w przypadku, gdy ustawa przewiduje jej opodatkowanie.