W kolejnych latach działalność oddziału przyniosła jednak stratę podatkową. W 2011 r. co prawda trochę zarobił, ale zysk został skompensowany z częścią straty. Z końcem 2011 r. oddział zlikwidowano, co oznacza, że pozostała część straty nie została rozliczona.

Spółka uważała, że w deklaracji CIT za 2011 r. może rozliczyć stratę zlikwidowanego oddziału w takim zakresie, w jakim nie została ona uwzględniona w słowackim rozliczeniu za ten rok. Jej zdaniem ma prawo odliczyć nie więcej niż 50 proc. straty oddziału poniesionej w każdym z poszczególnych lat podatkowych w okresie 2007–2010. W jej ocenie gdyby nie mogła odliczyć straty, to byłaby w gorszej sytuacji, niż gdyby oddział miała w Polsce. Krajowe przepisy naruszałyby więc prawo wspólnotowe, które mówi o swobodzie przedsiębiorczości na terenie UE.

Minister finansów w interpretacji nie zgodził się ze spółką. Wyjaśnił, że przepisy ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.) nie przewidują możliwości odliczenia w Polsce strat, które powstały na skutek działalności gospodarczej prowadzonej przez zakład położony na Słowacji.

Sąd zgodził się, że polskie przepisy nie pozwalają na odliczenie straty poniesionej przez zakład, ale nie oznacza to, że spółka nie ma takiego prawa. Konsekwencją stanowiska ministra było bowiem naruszenie zasady przedsiębiorczości, która wynika z przepisów wspólnotowych. WSA dostrzegł to naruszenie i przyznał, że w opisanej sytuacji na gruncie art. 7 ust. 5 ustawy o CIT spółce przysługuje prawo rozliczenia w polskim systemie podatkowym straty wygenerowanej przez oddział działający w innym państwie członkowskim, a niemożliwej do rozliczenia w tym kraju z uwagi na całkowitą likwidację tego zakładu. Jedynie taka wykładnia przepisów nie narusza zasady swobody przedsiębiorczości. Stanowisko organu podatkowego dyskryminowałoby jedne podmioty gospodarcze (posiadające zakłady zagraniczne na obszarze UE) względem innych (spółki działające jedynie przez zakłady krajowe).

Wyrok jest nieprawomocny.

Wyrok WSA w Krakowie z 2 lipca 2013 r., sygn. akt I SA/Kr 592/13.