Organy podatkowe, kierując się uchwałą NSA z 26 maja 2008 r. (sygn. akt I FPS 8/07), stoją zwykle na stanowisku, że zapłata podatku (o której mowa w art. 59 par. 1 pkt 1 w zw. z art. 60 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej; t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 749 z późn. zm.) w imieniu podatnika przez inny podmiot nie powoduje wygaśnięcia zobowiązania podatkowego.

W najnowszym orzeczeniu z 4 czerwca 2013 r. (sygn. akt II FSK 1534/12) NSA rozstrzygał, czy zobowiązanie podatkowe wygaśnie w przypadku zapłaty zaliczki na PIT z konta bankowego spółki cywilnej zamiast bezpośrednio z konta wspólnika (podatnika). Także w tej sprawie organ podatkowy uznał, że skoro wpłaty dokonała osoba trzecia – spółka cywilna, która nie jest podatnikiem PIT, to nie można wpłaty zaliczyć na poczet zaliczki wspólnika. NSA to stanowisko zakwestionował, twierdząc, że jest ono pozbawione podstaw prawnych.

Sąd wskazał, że przepisy nie przyznają spółce cywilnej ani zdolności prawnej, ani osobowości prawnej. Zatem bank nie może prowadzić dla niej rachunku rozliczeniowego. Rachunek taki może natomiast być prowadzony dla wspólników tej spółki (art. 51 prawa bankowego; t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 1376 z późn. zm.).

W ocenie NSA rachunek, z którego dokonano wpłaty zaliczki, był rachunkiem wspólnym wspólników spółki jako osób fizycznych będących przedsiębiorcami. Wpłata – mimo wskazania na przelewie jako wpłacającego spółki cywilnej – była faktycznie wpłatą wspólnika. Każdy ze współposiadaczy konta może bowiem swobodnie dysponować środkami zgromadzonymi na rachunku. Nie było zatem podstaw do uznania, że zapłata zaliczki została dokonana przez osobę trzecią, a nie przez podatnika. Jeżeli ustawodawca nakazuje dokonywanie zapłaty podatków w sposób bezgotówkowy, to ocena, czy zobowiązanie podatnika wygasło w wyniku zapłaty, nie może być dokonana bez analizy prawa bankowego.