Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 15616/13) powtórzyło argumenty, które kilka tygodni wcześniej zawarło w wyjaśnieniach dla naszej redakcji: popiera działania, które zmierzają do racjonalizacji systemu zachęt fiskalnych, jednak zaproponowana koncepcja wymaga uszczegółowienia i dalszych prac. Nie wiadomo np., czy ma ona zmierzać do podwójnego odliczania wydatków kwalifikowanych, a także jak należy rozumieć samo pojęcie takich wydatków.

Ministerstwo Gospodarki w odpowiedzi na tę samą interpelację potwierdza, że projektowana ulga ma polegać na odliczaniu 126 proc. wydatków kwalifikowanych – poprzez zaliczanie 100 proc. do kosztów uzyskania przychodów oraz dodatkowo poprzez odliczanie 26 proc. od podatku należnego. Ulga stanowić ma zatem zachętę opartą na wyliczeniu korzyści fiskalnych w odniesieniu do nominalnej wartości wydatków ponoszonych na badania naukowe lub prace rozwojowe. Kwota ulgi, która nie zostałaby odliczona w danym roku podatkowym ze względu na niewystarczającą wysokość podatku należnego, mogłaby być przenoszona na kolejne lata.

W ocenie MG nowa preferencja może być efektywną zachętą do ponoszenia nakładów na działalność badawczo-rozwojową jedynie wtedy, gdy przedsiębiorca będzie miał pewność co do zgodności odliczenia z przepisami podatkowymi i nie będzie ponosił ryzyka zakwestionowania jego poczynań przez organy skarbowe. Z tego względu przewiduje się powołanie instytucji certyfikujących wydatki (jako kwalifikujące się do odliczenia) jeszcze przed ich poniesieniem. Decyzje instytucji certyfikujących powinny mieć charakter wiążący w przypadku kontroli skarbowej.