Nie, sprawa zaliczenia nadpłaty lub zwrotu podatku jest przedmiotem szczególnego postępowania przed organem podatkowym, kończącego się wydaniem postanowienia rozstrzygającego kwestię zaliczenia. Złożenie deklaracji, w której wykazano nadpłatę podatku, jest warunkiem formalnym rozstrzygnięcia kwestii zaliczenia zwrotu na przyszłe zobowiązania podatkowe. Zatem organ podatkowy powinien w wydanym postanowieniu dokonać zaliczenia kwoty nadpłaty na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.

Nadpłaty, których wysokość nie przekracza wysokości kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym, podlegają z urzędu zaliczeniu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku - na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, chyba że podatnik wystąpi o ich zwrot.