Od uzasadnienia prawnego można odstąpić tylko, jeśli stanowisko podatnika jest prawidłowe w pełnym zakresie. W przeciwnym wypadku interpretacja powinna wskazywać prawidłowe stanowisko wraz z uzasadnieniem prawnym. Na temat treści uzasadnienia wypowiedział się WSA w Bydgoszczy w wyroku z 9 maja 2012 r. (sygn. akt I SA/Bd 245/12). Sąd zauważył, że stanowisko organu w wydanej przez niego indywidualnej interpretacji podatkowej zawsze musi być ustosunkowaniem się do poglądu zaprezentowanego w danej sprawie przez wnioskodawcę. Uzasadnienie prawne musi stanowić rzetelną informację, dlaczego w sprawie znajdują zastosowanie określone przepisy, a także dlaczego w przypadku negatywnej oceny stanowiska podatnika wyrażony przez niego pogląd nie zasługuje na uwzględnienie. W praktyce więc w uzasadnieniu organ podatkowy powinien przede wszystkim wytłumaczyć podatnikowi, z jakich przyczyn zastosował w danym stanie faktycznym konkretny przepis.

Zdaniem WSA dopiero ocena stanowiska wnioskodawcy i stanowisko własne organu podatkowego składają się na interpretację. Ocena taka musi – obok krytyki lub aprobaty stanowiska podatnika – zawierać wyjaśnienie, dlaczego taki, a nie inny pogląd został wyrażony. Uzasadniając własne stanowisko, organ powinien uwzględniać wszystkie przepisy, a nie wyłącznie odnosić się do regulacji wskazanych przez wnioskodawcę. Bez analizy aktualnego stanu prawnego ocena stanowiska wnioskodawcy jest niepełna.

WSA w omawianym wyroku zaakcentował bardzo istotną kwestię dotyczącą indywidualnych interpretacji przepisów prawa podatkowego. Dlatego należy mieć nadzieję, że orzeczenie to będzie miało pozytywny wpływ na wydawane interpretacje podatkowe. Niestety często bowiem uzasadnienie prawne stanowiska organu sprowadza się do bezrefleksyjnego powielenia uzasadnienia z innej interpretacji, nie zawsze przystającej do przedstawionego we wniosku stanu faktycznego.