Potwierdził to minister finansów w interpretacji ogólnej z 7 grudnia 2012 r. (sygn. DD3/033/100/CRS/12/DD-679). Chodzi o stypendia przyznawane przez ministra nauki i szkolnictwa wyższego na podstawie ustawy z 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki (Dz.U. nr 96, poz. 615 z późn. zm.) i wydanego do niej rozporządzenia. O problemie ich opodatkowania szeroko pisaliśmy w wydaniu z 26 listopada.

Minister finansów uznał, że są to stypendia o charakterze naukowym oraz spełniają warunek zwolnienia, jakim jest zatwierdzenie przez ministra nauki po zaopiniowaniu przez Radę Główną Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Zasady przyznawania takich stypendiów uregulował bowiem sam minister nauki w rozporządzeniu, którego projekt był opiniowany przez radę. Przesądza to, że naukowcom przysługuje zwolnienie z art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 361 z późn. zm.). To samo dotyczy stypendiów przyznanych na podstawie poprzedniego stanu prawnego, tj. ustawy o zasadach finansowania nauki z 2004 r.

Rafał Sidorowicz, doradca podatkowy w MDDP, wyjaśnia, że formalnie interpretacja ogólna gwarantuje podatnikom pełną ochronę na przyszłość. W praktyce otwiera też drogę do ubiegania się o zwrot podatku przez naukowców, którzy zapłacili go nienależnie w poprzednich latach. W celu odzyskania nadpłaty podatnicy mogą złożyć korektę zeznania podatkowego wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.

– Uzasadniając wniosek, podatnicy powinni powołać się na fakt wydania pozytywnej interpretacji ogólnej i podkreślić, że wnioski z niej płynące mają pełne zastosowanie do ich sytuacji – radzi Rafał Sidorowicz.

Grzegorz Grochowina, ekspert podatkowy w KPMG, tłumaczy, że jeśli prawidłowość wniosku nie będzie budziła wątpliwości, organ podatkowy zwróci nadpłatę w ciągu trzech miesięcy bez wydawania jakiejkolwiek decyzji.

– Jeśli jednak urząd uzna, że nadpłata powstała w innej wysokości niż wykazana przez podatnika we wniosku, wyda najpierw decyzję stwierdzającą nadpłatę lub określającą jej wysokość – dodaje ekspert. Organ podatkowy ma na jej wydanie dwa miesiące od dnia złożenia przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty.