Tak stwierdziło Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 6237/12). Zdaniem MF, teza, że organy celowo przedłużają załatwienie sprawy, jest absurdalna, gdyż w przypadku ustalenia, że nadpłata lub zwrot VAT jest zasadny, organ wypłaca należność z oprocentowaniem.

I tak jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty lub nadpłata nie została zwrócona w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, podatnikowi przysługuje od dnia złożenia wniosku oprocentowanie nadpłaty. Jego wysokość jest równa wysokości odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych.

Natomiast jeżeli zasadność zwrotu VAT wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć podstawowy, 60-dniowy termin, do czasu zakończenia czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli zwrot okaże się zasadny, urząd skarbowy wypłaca go wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej (tj. połowy stawki odsetek za zwłokę).

Ministerstwo Finansów podkreśla, że wprawdzie przepisy Ordynacji podatkowej nie określają terminu zakończenia czynności sprawdzających, organ nie może ich prowadzić w nieskończoność. W odróżnieniu od kontroli podatkowej i postępowania podatkowego, czynności sprawdzające są procedurą o najmniejszym stopniu sformalizowania. Organy podatkowe muszą działać szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do załatwienia sprawy.