Podstawę opodatkowania należy ustalić na podstawie art. 29 ust. 9 ustawy VAT. Zgodnie z tym przepisem w przypadku dostaw towarów i usług, dla których nie została określona cena, podstawą opodatkowania jest wartość rynkowa towarów lub usług pomniejszona o kwotę podatku. Regulacja ta znajdzie zastosowanie do aportów, ponieważ podmiot dokonujący takiego wkładu niepieniężnego nie uzyskuje w zamian ceny, a w szczególności ceną taką nie są otrzymane udziały lub akcje spółki.

Ustawa o VAT zawiera również definicję wartości rynkowej, z której wynika, że w przypadku braku możliwości jej ustalenia na podstawie kryteriów rynkowych (tj. braku porównywalnych transakcji) wartością rynkową jest kwota nie mniejsza niż cena nabycia towarów. Oznacza to, że w określonych przypadkach podstawą opodatkowania VAT będzie historyczna cena nabycia aportowanego towaru. Tak ustalona podstawa opodatkowania powinna zostać uwzględniona na fakturze wystawionej przez podmiot wnoszący do spółki aport. Natomiast VAT spółka powinna zapłacić swojemu wspólnikowi gotówką.

Wprawdzie konstrukcja ta burzy ideę aportów, gdzie spółka otrzymująca taki wkład nie angażuje swoich środków, ale w praktyce nie ma lepszego rozwiązania. Uszczuplenie środków pieniężnych spółki otrzymującej aport ma charakter przejściowy, jeżeli spółka będzie mogła odliczyć VAT lub uzyskać jego zwrot. Możliwe jest także, że spółka zapłaci VAT wspólnikowi dopiero po uzyskaniu jego zwrotu. W takiej sytuacji podmiotem finansującym VAT będzie wspólnik. Wydaje się, że jest to dobry argument, aby wprowadzić zasadę rozliczenia VAT od aportów przez samą spółkę.

Należy pamiętać, że bez względu na objęcie wkładu niepieniężnego VAT transakcja aportu do spółki kapitałowej wciąż podlegać będzie podatkowi od czynności cywilnoprawnych (PCC). Wynika to z tego, że zwolnienie z PCC czynności opodatkowanych VAT nie obejmuje umowy spółki i jej zmiany.